Edificio encargado por los Reyes Católicos a Juan Guas en 1476, quien construyó uno de los templos más bellos de la ciudad de Toledo y uno de los mejores conjuntos del gótico hispano-flamenco.

La iglesia tiene una sola nave cubierta con bóvedas de crucería, con cúpula estrellada sobre le presbiterio, coro alto y capillas laterales entre los contrafuertes, destacando la abundante decoración que adorna el crucero y la capilla mayor. En esta última el esquema decorativo es a base de arcos conopiales y escudos de los Reyes Católicos sostenidos por águilas de San Juan.

A través de una pequeña puerta se accede al claustro, obra maestra de Enrique Egas, compuesto por cuatro alas abiertas a un patio a través de grandes ventanales de tracería flamígera, bordeados por un friso con decoración vegetal y animal. En la planta superior es notable la bella techumbre policromada que repite, como motivo ornamental, emblemas, armas e iniciales de Isabel y Fernando, realizado en estilo mudéjar.

En su fachada principal aparece la tradicional decoración isabelina, formada por estatuas, arquerías ciegas, pináculos y bolas. En ella destacan las cadenas de los cristianos cautivos que fueron liberados por Fernando el Católico en la toma de Málaga y Baeza.

Un incendio durante la invasión francesa de 1808 destruye el retablo original, la importante biblioteca y el edificio de la comunidad que contenía un segundo claustro con decoración plateresca. Tras las desamortizaciones del siglo XIX, que privaron a la iglesia de sus bienes, los frailes fueron exclaustrados, la iglesia convertida en parroquia de san Martín de Tours, cuyo templo primitivo se derribó por ruinoso, y el claustro cedido a la Comisión de Monumentos para instalar un Museo. En 1954 regresa la comunidad de franciscanos y en 1977 se restaura la vida parroquial de San Juan de los Reyes.